Kaisa_2012_3_photo by Veikko Somerpuro

Enrol
1.9.2019 at 00:00 - 6.1.2020 at 00:00

Timetable

Here is the course’s teaching schedule. Check the description for possible other schedules.

DateTimeLocation
Mon 13.1.2020
09:15 - 11:00
Tue 14.1.2020
13:15 - 16:00
Thu 16.1.2020
14:15 - 16:00
Fri 17.1.2020
08:15 - 11:00
Mon 20.1.2020
09:15 - 11:00
Tue 21.1.2020
13:15 - 16:00
Thu 23.1.2020
14:15 - 16:00
Fri 24.1.2020
08:15 - 11:00
Mon 27.1.2020
09:15 - 11:00
Tue 28.1.2020
13:15 - 16:00
Thu 30.1.2020
14:15 - 16:00
Fri 31.1.2020
08:15 - 11:00
Mon 3.2.2020
09:15 - 11:00
Tue 4.2.2020
13:15 - 16:00
Thu 6.2.2020
14:15 - 16:00
Fri 7.2.2020
08:15 - 11:00
Mon 10.2.2020
09:15 - 11:00
Tue 11.2.2020
13:15 - 16:00
Thu 13.2.2020
14:15 - 16:00
Fri 14.2.2020
08:15 - 11:00
Mon 17.2.2020
09:15 - 11:00
Tue 18.2.2020
13:15 - 16:00
Thu 20.2.2020
14:15 - 16:00
Fri 21.2.2020
08:15 - 11:00

Description

Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. Lisäksi hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Kurssilla opitaan bioinformatiikan perusteet ja harjoitellaan tärkeimpien tietokantojen sekä ohjelmistojen käyttöä.

Kandivaihe. Suositellaan tehtäväksi 2-3.opiskeluvuonna.

Bioinformatiikan tärkeimmät menetelmät ja työkalut: biotietokannat (esim. OMIM, PubMed, UniProt, Cosmic, BioMart). Sekvenssianalyysiin liittyvät menetelmät, kuten kahden ja useamman sekvenssin rinnastuksen teoria ja käytäntö (pisteytysmatriisit, pistekartat, rinnastusalgoritmit). Tietokantahakualgoritmit (BLAST). Fylogeneettisten puiden rekonstruointi. Geenikartoituksen perusteet. Geeniontologiat. Genomiikka: erityisesti NGS-analyysit. Tulosten visualisointi. Teemat saattavat hiukan vaihdella vuosittain.

Osallistutaan luennoille sekä tietokoneharjoituksiin, jotka suoritetaan omilla tietokoneilla. Suoritetaan verkkotentti + lopputyö. Arvosana muodostuu tentin perusteella, johon hyvällä lopputyöllä saa korotuksen.

Kurssimateriaalit. Suositellaan myös esim. kirjaa Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics, 2014.

Arvioidaan asteikolla 0–5.

Janne Ravantti

Korvaa opintojakson 529055 Bioinformatiikan perusteet 5 op.