Kaisa_2012_3_photo by Veikko Somerpuro

Moodle
Kirjaudu sisään nähdäksesi Moodlen kurssiavaimen.

Aikataulu

Tästä osiosta löydät kurssin opetusaikataulun. Tarkista mahdolliset muut aikataulut kuvauksesta.

PäivämääräAikaOpetuspaikka
Ma 6.8.2018
17:00 - 19:30
Ti 7.8.2018
17:00 - 19:30
To 9.8.2018
17:00 - 19:30
Ma 13.8.2018
17:00 - 19:30
Ti 14.8.2018
17:00 - 19:30
To 16.8.2018
17:00 - 19:30
Ma 20.8.2018
17:00 - 19:30
Ti 21.8.2018
17:00 - 19:30
To 23.8.2018
17:00 - 19:30
Ma 27.8.2018
17:00 - 19:30
Ti 28.8.2018
17:00 - 19:30
To 30.8.2018
17:00 - 19:30
Ma 3.9.2018
17:00 - 19:30
Ti 4.9.2018
17:00 - 19:30
To 6.9.2018
17:00 - 19:30

Ilmoittautuminen ja opintomaksu

75 euroa. Lisätietoja.

Avoimen yliopiston kesäopetus on maksutonta ilmoittautumishetkellä läsnä oleville Helsingin yliopiston perustutkinto-opiskelijoille. Maksuttomuus ei koske mahdollista materiaalimaksua.

Kuvaus

Kurssi on tarkoitettu kaikille, joita monitieteinen bioinformatiikka kiinnostaa.

Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. (perustaidot Unixin käytöstä sekä R-kielestä) ja että hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Kurssilla opitaan bioinformatiikan perusteet ja harjoitellaan tärkeimpien tietokantojen sekä ohjelmistojen käyttöä.

Bioinformatiikan tärkeimmät menetelmät ja työkalut: biotietokannat (esim. OMIM, PubMed, UniProt, Cosmic, BioMart). Sekvenssianalyysiin liittyvät menetelmät, kuten kahden ja useamman sekvenssin rinnastuksen teoria ja käytäntö (pisteytysmatriisit, pistekartat, rinnastusalgoritmit). Tietokantahakualgoritmit (BLAST). Fylogeneettisten puiden rekonstruointi. Geenikartoituksen perusteet. Geeniontologiat. Genomiikka: erityisesti NGS-analyysit. Tulosten visualisointi. Teemat saattavat hiukan vaihdella vuosittain.

Osallistutaan luennoille sekä tietokoneharjoituksiin, jotka suoritetaan omilla tietokoneilla. Suoritetaan verkkotentti + lopputyö. Arvosana muodostuu tentin perusteella, johon hyvällä lopputyöllä saa korotuksen.

Kurssimateriaalit. Suositellaan myös esim. kirjaa Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics, 2014.

Arvioidaan asteikolla 0–5.

Luennot, harjoitustyöt ja verkkotentti.

Käytössä on verkko-oppimisympäristö Moodle, joka avautuu 6.8.2018.

Tenttipäivät:
Tentti on verkkotentti, joka suoritetaan Moodle-ympäristössä.
1. tentti: 20.9.-24.9.2018 välisenä aikana

Uusinnat: 18.10-22.10.2018 ja 22.11.26.11.2018

Ohjeistus Moodlessa.

Valitsemaasi verkkotenttiin ei tarvitse erikseen ilmoittautua!

Lisätietoa verkkotenteistä