Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. (perustaidot Unixin käytöstä sekä R-kielestä) ja että hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Kurssilla opitaan bioinformatiikan perusteet ja harjoitellaan tärkeimpien tietokantojen sekä ohjelmistojen käyttöä.

Bioinformatiikan tärkeimmät menetelmät ja työkalut: biotietokannat (esim. OMIM, PubMed, UniProt, Cosmic, BioMart). Sekvenssianalyysiin liittyvät menetelmät, kuten kahden ja useamman sekvenssin rinnastuksen teoria ja käytäntö (pisteytysmatriisit, pistekartat, rinnastusalgoritmit). Tietokantahakualgoritmit (BLAST). Fylogeneettisten puiden rekonstruointi. Geenikartoituksen perusteet. Geeniontologiat. Genomiikka: erityisesti NGS-analyysit. Tulosten visualisointi. Teemat saattavat hiukan vaihdella vuosittain.

Osallistutaan luennoille sekä tietokoneharjoituksiin, jotka suoritetaan omilla tietokoneilla. Suoritetaan verkkotentti + lopputyö. Arvosana muodostuu tentin perusteella, johon hyvällä lopputyöllä saa korotuksen.

Kurssimateriaalit. Suositellaan myös esim. kirjaa Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics, 2014.

Arvioidaan asteikolla 0–5.

Käytössä on verkko-oppimisympäristö Moodle, joka avautuu ennen opetuksen alkua.

Linkin ja kurssiavaimen opintojakson Moodleen saat kirjautumalla tähän opinto-ohjelmaan (=kurssisivulle) Helsingin yliopiston käyttäjätunnuksella. Huom! Tämä onnistuu aikaisintaan ilmoittautumistasi seuraavana päivänä. Saat käyttäjätunnusta koskevaa lisätietoa sähköpostiisi ilmoittautumisesi jälkeen.

Varaamme oikeuden muutoksiin opinto-ohjelmassa.