Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. (perustaidot Unixin käytöstä sekä R-kielestä) ja että hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Kurssilla opitaan bioinformatiikan perusteet ja harjoitellaan tärkeimpien tietokantojen sekä ohjelmistojen käyttöä.

Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. (perustaidot Unixin käytöstä sekä R-kielestä) ja että hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Bioinformatiikan tärkeimmät menetelmät ja työkalut: biotietokannat (esim. OMIM, PubMed, UniProt, Cosmic, BioMart). Sekvenssianalyysiin liittyvät menetelmät, kuten kahden ja useamman sekvenssin rinnastuksen teoria ja käytäntö (pisteytysmatriisit, pistekartat, rinnastusalgoritmit). Tietokantahakualgoritmit (BLAST). Fylogeneettisten puiden rekonstruointi. Geenikartoituksen perusteet. Geeniontologiat. Genomiikka: erityisesti NGS-analyysit. Tulosten visualisointi. Teemat saattavat hiukan vaihdella vuosittain.

Kurssi järjestetään kokonaan etäopetuksena. Kurssi koostuu luennoista sekä omilla tietokoneilla suoritettavista tietokoneharjoituksista. Luennot videoidaan ja tietokoneharjoituksia varten avataan työskentelyalue verkkoon, jossa opettajat päivystävät ja auttavat harjoituksissa aikatauluun merkittyinä ajankohtina. Kurssin suoritukseen vaaditaan hyväksytysti suoritettu verkkotentti sekä lopputyö. Arvosana muodostuu tentin perusteella, johon hyvällä lopputyöllä saa korotuksen.

Kurssimateriaalit. Suositellaan myös esim. kirjaa Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics, 2014.

Arvioidaan asteikolla 0–5.

Käytössä on verkko-oppimisympäristö Moodle, joka avautuu ennen opetuksen alkua.

Linkin ja kurssiavaimen opintojakson Moodleen saat kirjautumalla tähän opinto-ohjelmaan (=kurssisivulle) Helsingin yliopiston käyttäjätunnuksella. Huom! Tämä onnistuu aikaisintaan ilmoittautumistasi seuraavana päivänä. Saat käyttäjätunnusta koskevaa lisätietoa sähköpostiisi ilmoittautumisesi jälkeen.

Varaamme oikeuden muutoksiin opinto-ohjelmassa.