Kaisa_2012_3_photo by Veikko Somerpuro

Huom! Luennot verkossa joko reaaliaikaisesti tai tallenteina 11.8.2020 alkaen.

Ilmoittaudu
Moodle
Kirjaudu sisään nähdäksesi Moodlen kurssiavaimen.

Aikataulu

Lähiopetus on siirretty verkkoon.

PäivämääräAikaOpetuspaikka
Ti 11.8.2020
17:00 - 19:30
Ke 12.8.2020
17:00 - 19:30
To 13.8.2020
17:00 - 19:30
Ti 18.8.2020
17:00 - 19:30
Ke 19.8.2020
17:00 - 19:30
To 20.8.2020
17:00 - 19:30
Ti 25.8.2020
17:00 - 19:30
Ke 26.8.2020
17:00 - 19:30
To 27.8.2020
17:00 - 19:30
Ti 1.9.2020
17:00 - 19:30
Ke 2.9.2020
17:00 - 19:30
To 3.9.2020
17:00 - 19:30
Ti 8.9.2020
17:00 - 19:30
Ke 9.9.2020
17:00 - 19:30
To 10.9.2020
17:00 - 19:30

Ilmoittautuminen ja opintomaksu

75 €. Lisätietoja.

Ilmoittautuminen alkaa 45 vuorokautta ennen opintojakson alkua. Tarkka ilmoittautumisaika näkyy klikkaamalla Ilmoittaudu-painiketta.

Avoimen yliopiston kesäopetus on maksutonta ilmoittautumishetkellä läsnä oleville Helsingin yliopiston perustutkinto-opiskelijoille. Maksuttomuus ei koske mahdollista materiaalimaksua.

Kuvaus

Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. (perustaidot Unixin käytöstä sekä R-kielestä) ja että hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Kurssilla opitaan bioinformatiikan perusteet ja harjoitellaan tärkeimpien tietokantojen sekä ohjelmistojen käyttöä.

Opetuksessa lähdetään siitä, että opiskelija on jo suorittanut Tieteellisen laskennan perustaidot, 3 op. (perustaidot Unixin käytöstä sekä R-kielestä) ja että hänellä on hyvät perustiedot molekyylibiotieteistä sekä perusteet tilastotieteestä ja matematiikasta.

Bioinformatiikan tärkeimmät menetelmät ja työkalut: biotietokannat (esim. OMIM, PubMed, UniProt, Cosmic, BioMart). Sekvenssianalyysiin liittyvät menetelmät, kuten kahden ja useamman sekvenssin rinnastuksen teoria ja käytäntö (pisteytysmatriisit, pistekartat, rinnastusalgoritmit). Tietokantahakualgoritmit (BLAST). Fylogeneettisten puiden rekonstruointi. Geenikartoituksen perusteet. Geeniontologiat. Genomiikka: erityisesti NGS-analyysit. Tulosten visualisointi. Teemat saattavat hiukan vaihdella vuosittain.

Kurssi järjestetään kokonaan etäopetuksena. Kurssi koostuu luennoista sekä omilla tietokoneilla suoritettavista tietokoneharjoituksista. Luennot videoidaan ja tietokoneharjoituksia varten avataan työskentelyalue verkkoon, jossa opettajat päivystävät ja auttavat harjoituksissa aikatauluun merkittyinä ajankohtina. Kurssin suoritukseen vaaditaan hyväksytysti suoritettu verkkotentti sekä lopputyö. Arvosana muodostuu tentin perusteella, johon hyvällä lopputyöllä saa korotuksen.

Kurssimateriaalit. Suositellaan myös esim. kirjaa Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics, 2014.

Arvioidaan asteikolla 0–5.

Käytössä on verkko-oppimisympäristö Moodle, joka avautuu ennen opetuksen alkua.

Linkin ja kurssiavaimen opintojakson Moodleen saat kirjautumalla tähän opinto-ohjelmaan (=kurssisivulle) Helsingin yliopiston käyttäjätunnuksella. Huom! Tämä onnistuu aikaisintaan ilmoittautumistasi seuraavana päivänä. Saat käyttäjätunnusta koskevaa lisätietoa sähköpostiisi ilmoittautumisesi jälkeen.

Varaamme oikeuden muutoksiin opinto-ohjelmassa.